Наукові партнери Одеського історико-краєзнавчого музею:

Науково-дослідний інститут архівної справи та документознавства (м. Київ);

Історичний факультет Одеського національного університету ім. І. І. Мечникова;

Південноукраїнський національний педагогічний університет ім. К. Д. Ушинського;

Одеська державна академія будівництва та архітектури (архітектурно-художній інститут);

Одеська державна музична академія ім. А. В. Нежданової;

Одеське художнє училище ім. М. Б. Грекова;

Державний архів Одеської області;

Наукова бібліотека Одеського національного університету ім. І. І. Мечникова;

Одеська національна наукова бібліотека;

Одеська універсальна наукова бібліотека ім. М. Грушевського;

Одеський археологічний музей (НАН України);

Одеський літературний музей;

Муніципальний музей особових колекцій ім. О. В. Блещунова;

Військово-історичний музей Південного оперативного округу України;

Білгород-Дністровський краєзнавчий музей;

Ізмаїльський музей О. В. Суворова;

Історико-краєзнавчий музей Придунав'я (м. Ізмаїл);

Одеська українська гімназія №2;

Одеська музична школа ім. П. С. Столярського.